由于企业经常连续生产工作，反渗透设备也不可避免的要经常停运维护，长时间或短时间停用都有必要采取维护措施，不正确的处理会使膜功能降低。短期保留适用于停运15ｄ以下的体系，可采用每1～3ｄ低压冲刷的方法来维护反渗透设备。因此在水温高于20℃时，每2ｄ或1ｄ低压冲刷一次，水温低于20℃时，能够每3ｄ低压冲刷一次，每次冲刷完后需封闭清水设备反渗透设备上一切进出口阀门。长时间停用维护适用于停运15ｄ以上的体系，这时有必要用维护液(杀菌剂)充入清水设备反渗透设备进行维护。常用异噻唑啉酮20ｍｇ/Ｌ、杀菌剂配方为甲醛10、亚硫酸氢钠1。

通常2～10个月清洁一次，假如每个月不得不清洁一次，这说明应该改善的预处理体系，调整的运转参数。假如1～2个月需求清洁一次，则需求进步设备的运转水平，是不是需求改善预处理体系较难判别。在正常运转条件下，反渗透膜也许被无机物垢、胶体、微生物、金属氧化物等污染，这些物质沉积在膜表面上会引起清水设备反渗透设备出力降低或脱盐率降低、压差增加，乃至对膜形成不行康复的损害，因而，为了良好的透水和除盐功能，需求对膜进行化学维护清洗。